Ở Nam Bộ hiện có khoảng 500 chùa Khmer lớn nhỏ, tập trung ở hai tỉnh Trà Vinh và Sóc Trăng, là hai địa phương có đông đồng bào Khmer sinh sống, cũng là nơi có nhiều ngôi chùa Khmer nổi tiếng. Từ cổng nhìn vào chùa Khmer Nam Bộ, qua cầu thang, có hai cấp sân rộng bao quanh ngôi chính điện được tráng xi-măng, mái chùa có ba cấp, mỗi cấp được chia thành ba nếp, nếp giữa lớn hơn hai nếp phụ hai bên bằng nhau, không có thác nóc. Ðiểm chung của chùa Khmer Nam Bộ là chính điện quay về hướng đông; vì bà con cho rằng, con đường tu hành của Phật đi từ tây sang đông. Bên trong chính điện mang vẻ bề thế và lộng lẫy với nhiều màu sắc như nét văn hóa Khmer, nét đặc thù của Bà La-môn giáo, ảnh hưởng sâu đậm văn hóa Ấn Ðộ, nhiều nhất là trên nóc được trang trí hình ảnh đền Ăng-co Vat nơi khởi nguồn của phong cách kiến trúc Khmer. Chung quanh trong chính điện bày trí nhiều hình ảnh giải thích quá trình tu hành khổ luyện của Ðức Phật từ lúc sinh ra đến lúc làm Thái tử và cho đến khi vào cõi Niết Bàn. Ðối diện chính điện là các cột trụ biểu với hình tượng thần rắn Naga năm đầu, dùng thắp nến vào những ngày lễ hội.

Ngôi chùa có một vị thế rất vững chắc trong đời sống xã hội và tâm thức của người Khmer Nam Bộ. Theo Hòa thượng Kim Rên - Trụ trì Chùa Dơi, thì: "Chùa và chư tăng là cột trụ về tinh thần, cho nên mọi nghi thức lễ hội, đón mừng năm mới diễn ra ở chùa, mang đậm màu sắc lễ hội Phật giáo. Nam giới lớn lên được tu dưỡng trong tinh thần Phật giáo, xuống tóc đi tu, học giáo lý nhà Phật, học văn hóa trước khi bước vào cuộc sống tự lập của người trưởng thành. Khi chết, người Khmer hỏa táng và tro được gửi lên chùa". Ðóng góp dựng chùa, nuôi chùa được coi như một khoán ước bảo đảm hạnh phúc cho cuộc sống hiện tại và vĩnh hằng sau này của mỗi kiếp người. Người Khmer không tiếc công sức, vật liệu quý cùng sự khéo léo của đôi tay để xây dựng chùa, vì thế chùa trở thành trung tâm của phum, sóc, gắn bó thiêng liêng cả đời. Chùa là trung tâm sinh hoạt tín ngưỡng tôn giáo, văn hóa, là nơi rèn luyện đạo đức, phẩm hạnh.

Về các phum, sóc nơi có đông người Khmer sinh sống, dễ dàng nhận thấy sự tương phản giữa những ngôi nhà lá đơn sơ của người dân với sự nguy nga, đồ sộ của ngôi chùa như một tác phẩm nghệ thuật giữa cảnh quan đồng bằng. Hiện, ở Sóc Trăng có khoảng 100 chùa, tiêu biểu Chùa Khléang (theo tiếng Việt là Sóc Trăng) là một trong những ngôi chùa Khmer cổ nhất trong tỉnh, được xây dựng vào đầu thế kỷ 16, gắn liền với truyền thuyết địa danh Sóc Trăng. Nơi chính điện là tượng Phật cao 6,8 m, phần thân tượng cao 2,7 m được đúc vào năm 1916. Tượng được đặt ngồi trên tòa sen lộng lẫy với vầng hào quang bằng điện lúc ẩn, lúc hiện, tạo nên sự uy nghiêm thanh thoát, huyền ảo. Chung quanh tượng Phật lớn và tượng Phật nhỏ có nhiều tủ kính trưng bày các hiện vật gia dụng của cộng đồng người Khmer xưa như là một cách bảo tồn và phát huy nét sinh hoạt văn hóa cổ xưa của dân tộc mình. Chùa Khléang đã được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch công nhận là Di tích lịch sử, văn hóa quốc gia. Cổng chùa được trang trí nhiều hoa văn, họa tiết, mầu sắc rực rỡ mang đậm phong cách Khmer. Trước chùa có xây hai tháp hình bầu dục nằm ở hai bên, dùng đựng xương cốt của các vị trụ trì.

Chùa Dơi được xây dựng năm 1569 với tên khai sinh theo ngôn ngữ Khmer là Sêrây Têchô Mahatúp, theo tiếng Việt là chùa Mã Tộc. Gọi là chùa Dơi vì ngôi chùa nổi tiếng với một đàn dơi hàng chục nghìn con dơi quạ tới trú ngụ. Ðã từ hàng trăm năm nay, đàn dơi chọn vườn chùa làm nơi cư trú và nghỉ ngơi, ban ngày treo mình trên các cành cây ngủ yên lành. Hoàng hôn xuống, chúng thức giấc bay lên, ríu rít gọi nhau, lượn qua lượn lại mấy vòng, rồi mới từ giã ngôi chùa đi kiếm ăn. Có một điều rất lạ là dơi không hề ăn một trái chín nào ở vườn chùa. Chúng tung cánh bay đi xa, kiếm ăn trên những miệt vườn khắp vùng sông Tiền, sông Hậu, để rồi sáng sớm lại trở về ngủ trong vườn chùa. Theo gia phả để lại, họ hàng dơi xuất hiện ở đây từ 200 năm về trước, dường như chúng đã chọn nơi này làm cửa sinh theo triết lý nhà Phật, là cửa sinh vì không bao giờ nhìn thấy một xác dơi chết. Chùa Dơi không chỉ nổi tiếng bởi những chú dơi, mà nổi tiếng với một quần thể kiến trúc đẹp vào bậc nhất. Mái chùa gồm hai tầng lớp ngói mầu. Phía đầu hồi, bốn đầu mái được chạm trổ tinh xảo hình rắn Naga cong vút. Trên đỉnh chùa có một ngọn tháp nhọn. Hàng cột đỡ quanh chùa, mỗi cột có một tượng tiên nữ Kemnar đôi tay chắp trước ngực như đang đón chào khách thăm viếng. Trong chính điện (sanctury) có một pho tượng Phật Thích Ca bằng đá nguyên khối trên một tòa sen cao khoảng hai mét. Nhà giáo Nhân dân Lâm Es - Chủ tịch Hội Khuyến học tỉnh Sóc Trăng, nói: "Tôi được như hôm nay  một phần chủ yếu là từ chùa. Lúc nhỏ được mẹ gửi lên chùa Cần Ðước (Mỹ Xuyên - Sóc Trăng) để đi học, ăn cơm chùa, áo quần bà con phum, sóc cho. Suốt chín năm tu ở chùa để trả hiếu, cầu kinh niệm Phật, mua sách vở tiếng Việt, tiếng Pháp về tự học và tìm kiếm sách tiếng Khmer trong các chùa về để tìm hiểu nghiên cứu, dạy chữ Paly cho trẻ nhỏ tại các phum, sóc lân cận. Ðó là những kỷ niệm đẹp nhất trong đời".